Chrétienne ou musulmane, la religion est souvent un prétexte utilisé par les homophobes. La plupart du temps, ce sont même les représentants religieux qui prêchent le mépris et la violence envers ces minorités sexuelles. « C'est dommage que la religion qui est censée apaisée les coeurs, réunir les gens et les peuples soit là pour diviser, jeter les gens en pâture. L'église catholique traditionnelle joue un rôle sur la montée de l'homophobie au Cameroun » regrette le président d’Alternatives Cameroun. Il se souvient même d’une messe de Noël, à Yaoundé en 2005, durant laquelle « l'ancien archevêque de Yaoundé a fait son homélie (prédication, ndlr), focalisée sur l'homosexualité. Il a dit des choses horribles sur la question, lors d’une messe diffusée à la télévision nationale ».
Au Sénégal, pays à 90% musulman, l’homosexualité n’est pas bien perçue non plus. Comme souvent dans la religion en générale, elle est considérée comme « contre nature ». Magatte Niang vient d’une famille sénégalaise musulmane et a connu cette situation : « J'avais des problèmes avec ma propre famille, je ne pouvais pas recevoir d'amis à la maison, mes frères s'étaient révoltés. Ils ne m’acceptaient pas « à ma façon » ». Même si les relations se sont améliorées avec le temps, il est toujours difficile pour lui de se faire comprendre et accepté par sa famille et la société.
Certains défenseurs des homosexuels ne croient pas au prétexte religieux. C’est le cas d’Ariel Jean Urbain. Selon lui, « C'est un faux débat. Quand on prend les textes originaux de la Bible, l'expression « homosexuel » n'existe pas. Mais aujourd'hui on interprète mal ces textes ». De son point de vue, le rejet des minorités est une question de « sujet tabou ». Ce serait parce que les gens ne veulent pas en parler, ni voir la réalité en face. « Cette homophobie s'explique par la politique de l'autruche. Elle consiste a dire il n'y a pas cela chez moi mais chez le voisin ».