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Comment détecter une contamination au Covid-19 ?

Tests PCR ou antigénique ? Il existe deux méthodes pour détecter la présence du Covid-19 dans l'organisme. Mais ces méthodes se déclinent également en plusieurs types de prélèvements. 
Tests PCR ou antigénique ? Il existe deux méthodes pour détecter la présence du Covid-19 dans l'organisme. Mais ces méthodes se déclinent également en plusieurs types de prélèvements. 
Jae C. Hong/AP

Avec la vague de contaminations liée au variant Omicron, la demande en tests de détection du Covid-19 est toujours plus importante. Aussi, les types de tests se diversifient. Combien y a-t-il de méthodes pour détecter le virus et comment fonctionnent-elles ? Tour d’horizon.

D’abord il y a eu les tests PCR, puis les tests antigéniques. Pour les plus jeunes, les tests salivaires sont privilégiés. Et actuellement, la côte des autotests est aussi en train de grimper. Mais pourquoi y a-t-il autant de manières de détecter le Covid-19 et quelles sont les différences entre chacune d’elles ? 

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  • Le test PCR, le plus fiable

Très rarement agréable du fait de sa technique de prélèvement, nasopharyngée (avec un écouvillon inséré jusque dans le nez jusqu’au pharynx), il reste le test le plus répandu. Il est basé sur la méthode de biologie moléculaire de réaction en chaîne par polymérisé (ou polymerase chain reaction en anglais, d’où le nom PCR). Lors de ce procédé, les petites molécules réagissent entre elles pour en former de nouvelles de masse plus élevées. 

 Dans une synthèse de plusieurs études publiée en février, Haute Autorité de santé en France estimait que ces tests étaient fiables à 92%. Un résultat faussement négatif n’est pas particulièrement grave, dans la mesure où il intervient lorsque la charge virale de l’échantillon est faible, donc qu’il y a un risque de transmission faible.

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Une fois le prélèvement effectué, l’échantillon est envoyé à un laboratoire. Il faut d’abord isoler et purifier l’ARN du Covid-19. Il s’agit du matériel génétique qui se trouve au cœur du Covid-19 et ainsi de savoir s’il s’agit du Covid-19 ou non. À la différence de l’ADN, il ne contient qu’une seule hélice. Il est disposé sous la membrane du virus. Pour isoler l’ARN, il faut l’extraire du reste de l’échantillon.  Une fois l’ARN isolé et purifié, il faut le convertir en ADN. Comme l’ARN est composé d’une branche, le procédé consiste en l’ajout d’un fragment d’ADN viral, spécifique et complémentaire. Si le prélèvement contient du Coronavirus, l’ ARN s’attachera au fragment viral.
 

Comment différencier l'ARN de l'ADN ? 
Comment différencier l'ARN de l'ADN ? 
Wikimedia commons


La phase d’analyse consiste à placer l’échantillon dans un thermocycleur. Cette phase permet de distinguer les échantillons contaminés par le Covid-19 et ceux non-contaminés. À travers plusieurs cycles où les échantillons passeront du chaud au froid, de nouvelles copies de l’ADN virale-cible doivent être obtenues, pour les échantillons où le Covid-19 est présent. Lorsque les marqueurs ARN du virus et l’ADN cible-viral se rejoignent, ils émettent un signal fluorescent mesuré par un ordinateur. Plus la charge virale est concentrée dans l’échantillon, plus elle sera détectable facilement. Tout ce processus fait qu’il faut attendre plusieurs heures, voire jours, pour avoir le résultat d’un test PCR.

  • Le test antigénique, pour un résultat plus rapide

Accessible en pharmacie, le test antigénique repose également sur un mode de prélèvement nasopharyngé, comme le test PCR. En revanche, il ne fonctionne pas de la même manière. Une fois le prélèvement effectué, l’échantillon est déposé sur une bande qui réagit à des protéines caractéristiques du virus. Le principe est le même que pour un test de grossesse : une barre apparaît en quelques minutes si le test est positif. En revanche, impossible d’avoir plus de détails sur le résultat, notamment à quel variant on a été contaminé.

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Par ailleurs, ces tests sont légèrement moins fiables que les tests PCR. En fonction du produit utilisé, la sensibilité peut varier. En France, la Haute Autorité de Santé indique que les tests antigéniques doivent avoir une sensibilité minimale de 80% afin de pouvoir être mis sur le marché. Toutefois, si un test antigénique indique un résultat négatif et qu’un test PCR indique un résultat positif, mieux vaut se fier au résultat du test PCR.

Peut-on savoir si l’on a déjà été infecté au Covid-19 ?

La plupart des tests servent à détecter la présence du virus au moment où le test est réalisé. Le test sérologique, lui, vise à savoir si le patient a été infecté par le virus. Il est réalisé par une prise de sang et mesure la quantité d’anticorps au Covid-19.

Le test sérologique est notamment utilisé en amont de la vaccination. Si la personne a suffisamment d’anticorps, elle n’aura besoin que d’une dose d’un vaccin à ARN Messager. 

  • D’autres types de prélèvements possibles

La majorité des tests de dépistage du Covid-19 sont faits par prélèvements nasopharyngé. Cependant, il n’est pas toujours possible de les réaliser ainsi, notamment pour les jeunes enfants ou des personnes ayant des troubles psychiatriques ou des déformations de la paroi nasale. C’est pour cela qu’il existe des tests oropharyngés. Ils peuvent être des tests PCR comme des tests antigéniques, et doivent être insérés dans la bouche, jusqu’au fond de la gorge, vers l’oropharynx.

Le principal problème de ce type de test est que de nombreux inhibiteurs de la réaction se trouvent dans la bouche, notamment dans la salive. Ces derniers peuvent altérer la qualité de l’échantillon prélevé. En revanche, si la charge virale est importante, il ne devrait pas y avoir d’incidence sur le test. 

Il existe aussi un autre test qui ne s’effectue pas par prélèvement nasopharyngé : le test salivaire. Pour réaliser le prélèvement, la personne doit cracher de la salive dans un flacon. L’échantillon est ensuite analysé en laboratoire, avec le même procédé que pour un test PCR. Ainsi, s’il est légèrement moins fiable que le test PCR par prélèvement nasopharyngé, il est plus fiable que le test antigénique. Peu répandue, cette technique est surtout destinée à tester les enfants ou les personnes qui ne peuvent pas effectuer de prélèvement nasopharyngé. 

  • L’autotest, à faire soi-même

La vague Omicron est responsable de chiffres de contaminations jamais atteints jusqu’ici. De ce fait, la demande en tests de dépistage est toujours plus forte. De ce fait, les autotests arrivent à se faire une place de plus en plus importante. Comme leur nom l’indique, il est possible de les réaliser soi-même. En France, ils peuvent être achetés en pharmacie et même en grande surface depuis le début du mois de janvier.

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Ils fonctionnent de la même manière qu’un test antigénique : l’échantillon est déposé sur une bande qui réagit selon la présence du virus. En revanche, le risque d’erreur de manipulation est plus important car il n’est pas réalisé par un professionnel de santé.