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Covid-19 : ce que l'on sait et ce que l'on ignore sur le nouveau variant Omicron

L'Afrique du Sud accélère sa campagne de vaccination une semaine après la découverte du variant Omicron du coronavirus, vendredi 3 décembre 2021. 
L'Afrique du Sud accélère sa campagne de vaccination une semaine après la découverte du variant Omicron du coronavirus, vendredi 3 décembre 2021. 
(AP Photo/Jerome Delay)

Les frontières se referment en Israël, le Maroc interdit les vols en provenance de l'étranger, de nombreux pays suspendent leurs vols vers l'Afrique du Sud ... Le monde se referme face à un nouveau variant que l'Organisation Mondiale de la Santé juge "préoccupant." Que sait-on aujourd'hui du variant Omicron ?

Le nouveau variant sud-africain Omicron s'installe en Europe. Il a été détecté dans au moins 38 des 53 États membres de la Région européenne de l'OMS. En Afrique, le Nigéria, le Ghana et le Sénégal ont détecté des premiers cas. Outre-Atlantique, le variant est également présent dans les 50 États des États-Unis à la date du 20 décembre 2021.

À (re)lire : Covid-19: Omicron détecté dans un nombre croissant de pays, craintes du FMI pour la croissance

Dans la déclaration du 21 décembre du docteur Hans Henri P. Kluge, directeur régional de l'OMS pour l'Europe, il rapporte que le variant Omicron est en train de devenir, ou est déjà devenu, dominant dans plusieurs pays. Notamment au Danemark, au Portugal et au Royaume-Uni, où le nombre de cas double tous les 1,5 à 3 jours, occasionnant des taux de transmission jamais observés auparavant.

Omicron semble avoir un taux de réinfection plus élevé mais provoquer des symptômes moins sévères, selon le rapport de l'OMS sorti le 9 décembre.

​De leur côté, les laboratoires Pfizer et BioNTech assurent que leur vaccin contre le Covid-19 étaient "toujours efficace" après trois doses face à ce variant. L'organisme de santé sud-africain Africa Health Research Institute (AHRI) tempère ces affirmations. Il assure qu'il "échapperait en partie à l'immunité conférée" par le vaccin Pfizer. Le 17 décembre, l'OMS émet une autorisation d’utilisation d’urgence pour le Covovax, le vaccin produit par le Serum Institute of India sous licence de Novavax et fait partie du portefeuille du Mécanisme COVAX.

Que sait-on réellement du nouveau variant Omicron ? Doit-on s'inquiéter de ses conséquences ?

Les personnes qui ont déjà eu le Covid-19 pourraient plus facilement être réinfectées avec Omicron plutôt qu'avec d'autres variants. 

Rapport de l'OMS, Organisation Mondiale de la Santé

Ce que l'on sait sur le variant Omicron

  • Le variant Omicron présente un nombre important de mutations

Le variant Omicron présente plus de mutations que le variant Delta, selon l'équipe de chercheurs de l'hôpital Bambino Gesù de Rome, en Italie.

Cette dernière a diffusé ses conclusions le 27 novembre dernier, via l'Agenzia ANSA, la principale agence de presse italienne.

Sur l’image ci-dessous, les chercheurs ont mis en évidence les mutations du variant Delta (à gauche) et celles du variant Omicron (à droite). En rouge, on observe que les mutations d'Omicron sont plus nombreuses que celles de Delta.

Un nombre important de mutations ne signifie cependant pas automatiquement que le variant qui en découle soit plus dangereux. Cependant, certaines de ces mutations présentent des caractéristiques inquiétantes.

Quelle est la différence entre une mutation et un variant ? 

On observe une mutation du virus lorsqu’il y a un changement dans l’ARN du virus, son matériel génétique. Une mutation est un accident, elle se produit à de rares occasions chez tous les êtres vivants, humains compris.

Par définition, un virus mute en permanence lorsqu’il se réplique dans nos cellules.

Le variant existe à partir du moment où le virus a identifié une "bonne" mutation qui va lui permettre de se répandre davantage.

Le variant est une version "améliorée" du virus, au sens où elle lui permet de se diffuser plus rapidement, en trouvant de nouvelles manières pour résister aux différents traitements ou vaccins.

  • Le variant Omicron présente un risque accru de réinfection

Le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, affirme que les données venant d’Afrique du Sud "suggèrent un risque de réinfection (des personnes guéries de la maladie ou vaccinées, ndlr) plus élevé avec Omicron (qu'avec d'autres variants, ndlr)." Omicron peut contourner l'immunité acquise.

Ainsi, les personnes déjà infectées par le variant Delta ou vaccinées avec des vaccins comme le Johnson & Johnson, l’AstraZeneca ou le Pfizer risquent donc d’être moins bien protégées qu'elles ne l'étaient auparavant. De plus, les personnes guéries du Covid-19 courent 3 à 5 fois plus de risques d'être réinfectées par Omicron que par Delta.

À (re)voir : Covid-19 : ce que l'on sait du "préoccupant" variant Omicron 
 

Certains endroits en Afrique australe font état de symptômes plus légers.
 

Michael Ryan, responsable des urgences de l'OMS

  • Omicron "ne montre aucune augmentation de la sévérité de la maladie."
Le docteur Michael Ryan, responsable des urgences de l'OMS, confirme les dires d’Anthony Fauci, conseiller de la Maison Blanche sur la crise sanitaire, concernant la dangerosité du variant.
 
"Le comportement général que nous observons jusqu'à présent ne montre aucune augmentation de la sévérité de la maladie. De fait, certains endroits en Afrique australe font état de symptômes plus légers."

De son côté, le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesu affirme que "des éléments laissent à penser qu'Omicron provoque des symptômes moins graves que Delta." Il est encore trop tôt pour l'affirmer avec certitude. 
 

Afin de déterminer la dangerosité du variant, les scientifiques s'intéressent au nombre d'hospitalisations. Les données préliminaires en Afrique du Sud suggèrent effectivement une augmentation des patients en Afrique du Sud. Mais celle-ci est certainement dûe à l'augmentation du nombre total de personnes infectées plûtot qu'à la dangerosité du variant Omicron. 

 Il semble qu'Omicron ait dépassé le variant Delta à un rythme que nous n'ayions jamais vu auparavant.

Moritz Gerstung, chef du groupe de recherche du laboratoire européen (EMBL)

  • Le variant Omicron est plus transmissible

Le chef de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus a une nouvelle fois tiré la sonnette d'alarme : "je suis très préoccupé par le fait qu'Omicron, plus transmissible, circulant en même temps que Delta, entraîne un tsunami de cas. Cela exerce et continuera d'exercer une immense pression sur un personnel de santé épuisé et des systèmes de santé au bord de l'effondrement". Le 11 janvier, la branche européenne de l'OMS a estimé qu'au rythme actuel des contaminations, environ 50% des Européens pourraient être touchés par le variant Omicron.

Omicron est aujourd'hui prédominant en Afrique du Sud, aux États-Unis et dans plusieurs pays d'Europe.

Plus de 85% des contaminations actuelles se concentrent entre deux régions où Omicron est fortement présent, l'Europe (4.022.000 cas au cours des sept derniers jours, +36% par rapport à la semaine précédente) et les États-Unis et le Canada (2.264.000 cas, +83%). Seule l'Asie (268.000 cas, -12%) a vu la pandémie reculer au cours de la semaine écoulée.

Comme l'explique la microbiologiste et spécialiste des maladies infectieuses à l’Institut national sud-africain des maladies transmissibles (NICD), il était présent dans 75% des séquençages d'échantillons en novembre et est à l'origine de la quatrième vague de Covid-19 en Afrique du Sud.

À (re)lire : Covid-19: face à l'Omicron, l'Afrique du Sud veut accélérer la vaccination

Moritz Gerstung, chef du groupe de recherche du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) affirme qu'il "semble qu'il ait dépassé le variant Delta à un rythme que nous n'ayions jamais vu auparavant."

Ce que l'on ignore sur le variant Omicron

  • Pfizer et BioNTech assurent que les vaccins restent efficaces contre Omicron après trois doses. Un organisme sud-africain est lui plus perplexe.

Pfizer et BioNTech ont de leur côté insisté sur l'efficacité de leur vaccin actuel contre le variant Omicron.
 

Une troisième dose fournit un niveau d'anticorps neutralisants contre Omicron similaire à celui observé après deux doses

Les laboratoires Pfizer et BioNTech


La virologue américaine Angela Rasmussen a estimé que les premières données publiées par Pfizer et d'autres études indépendantes étaient "au moins encourageantes".  Selon elle, "une troisième dose va réduire le risque d'infection survenant chez les personnes vaccinées."

Pfizer se montre rassurant sur son vaccin actuel en assurant qu'"une troisième dose fournit un niveau d'anticorps neutralisants contre Omicron similaire à celui observé après deux doses" pour les précédentes incarnations du coronavirus.

Par ailleurs, plusieurs fabricants de vaccins ont déjà prévenu qu'ils devraient certainement en concevoir une nouvelle version. Le 1er décembre Pfizer et BioNTech ont promis de le faire d'ici à mars. Les deux groupes ont indiqué déjà travailler au "développement d'un vaccin spécifique" au variant Omicron, qui pourrait être disponible dès "mars 2022".

L'Africa Health Research Institute (AHRI), un organisme sud-africain ayant patronné l'une des premières études sur la résistance aux vaccins d'Omicron, est moins optimiste. Le variant "échapperait en partie à l'immunité conférée" par le vaccin Pfizer, selon l’organisme de santé.

Une autre étude sud-africaine, publiée le 30 décembre par le Conseil sud-africain de la recherche médicale (SAMRC), affirme quant à elle que le vaccin à une dose et son rappel du laboratoire américain Johnson&Johnson reste efficace à 85% contre les cas graves d'infection à Omicron.

Cette étude, menée auprès d'un demi-million de soignants ayant reçu le vaccin de Johnson&Johnson dans le cadre d'essais cliniques est à prendre avec précaution car elle est pour l'instant non examinée par des pairs. Cela signifique qu'elle n'a pas été jugée de manière critique par la communauté des chercheurs compétents dans le domaine.

Magré ces incertitudes, l'Afrique du Sud et le Botswana paient le prix fort de leur transparence auprès de la communauté internationale, faisant l'objet de nombreuses sanctions internationales. Antonio Guterres, secrétaire général de l'ONU, avait pourtant salué leur franchise.  

À (re)voir : Covid-19 : Omicron, le monde s'organise face au nouveau variant
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