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Covid-19 : ces variants qui se propagent à travers le monde

<p>Des seringues et une dose de vaccin Sinovac vide au complexe sportif de La Pintana transformé en centre de vaccination à Santiago au Chili le 11 mars 2021.</p>

Des seringues et une dose de vaccin Sinovac vide au complexe sportif de La Pintana transformé en centre de vaccination à Santiago au Chili le 11 mars 2021.

AP/ Esteban Felix

Si "plus de 4.000 variants du SARS-CoV-2 ont été identifiés à travers le monde" selon les services de santé britannique, leurs apparitions sont tout sauf une surprise : c'est un processus naturel puisque le virus acquiert des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. 

[Mis à jour le 25/01/22]

À ce stade, cinq variants sont considérés par l'OMS comme "préoccupants", ceux qui ont d'abord été détectés en Angleterre, en Afrique du Sud puis au Brésil (deux variants y ont été observés dont le P1 classé préoccupant). En octobre 2020, un quatrième variant apparu en Inde a fait l'objet d'une attention particulière. Ce pays de 1,3 milliard d'habitants a connu une explosion de cas est inscrit sur liste rouge par d'autres nations. Fin novembre 2021, c'est le variant Omicron, détecté en Afrique du sud qui suscitait l'inquiétude partout dans le monde. 

Pour faciliter les débats publics sur les variants, l'OMS a décidé de nommer les variants à l'aide du nom des lettres de l'alphabet grec (alpha, bêta, gamma, delta...), plus accessible à un public non scientifique et qui permet d'éviter de stigmatiser le pays où ce variant est initialement découvert.

Variant Omicron

Le nouveau variant B.1.1.529 du virus qui donne le Covid 19, a été détecté pour la première fois en Afrique australe, le 24 novembre 2021. Dès le 26 novembre, il était classé "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), et a été baptisé "Omicron". "Ce variant présente un grand nombre de mutations, dont certaines sont préoccupantes", avait indiqué le groupe d'experts chargé par l'OMS de suivre l'évolution du Covid-19.

Selon ce groupe d'experts, la première infection confirmée connue d'Omicron provient d'un échantillon prélevé le 9 novembre. Par la suite, les infections en Afrique du Sud ont fortement augmenté, coïncidant avec la détection du nouveau variant.

Il avait été ensuite détecté en Israël sur une personne revenue du Malawi, au Botswana, en Belgique et à Hong Kong. "Nous comprenons que les gens soient inquiets. La bonne chose est que nous avons des systèmes de surveillance dans le monde entier pour détecter ces variants très rapidement", avait souligné Mme Van Kerkhove, responsable de la gestion de l'épidémie de Covid-19 à l'OMS.

Ce variant présente un potentiel de propagation très rapide, bien plus que son prédécesseur Delta, selon les scientifiques. Du point de vue génétique, il possède un nombre de mutations inhabituellement élevé, dont une trentaine dans la protéine spike, la clé d'entrée du virus dans l'organisme.

En se fondant sur l'expérience des précédents variants, on sait que certaines de ces mutations peuvent être associées à une plus grande transmissibilité et à une baisse d'efficacité des vaccins.

La première “image” du nouveau variant Omicron montrait en effet qu’il présente beaucoup plus de mutations que Delta. "D'autres études nous diront si cette adaptation est neutre, moins dangereuse ou plus dangereuse", avaient précisé les chercheurs de l'hôpital Bambino Gesù de Rome qui ont réalisé cette image.

L'émergence de ce nouveau variant a affolé de nombreux pays, qui se sont empressés de fermer leurs frontières et les liaisons aériennes avec l'Afrique australe. Omicron est maintenant majoritaire dans de nombreux pays.

Le sous-variant BA.2 d'Omicron

Surnommé le "petit frère d'Omicron", le sous-variant BA.2 a été détecté pour la première fois le 1er novembre 2021. Cette souche minoritaire du variant Omicron est déjà majoritaire au Danemark, où il représente, au 24 janvier, 66% des souches de SARS-COV-2. 

C'est la vitesse à laquelle ce sous-variant a supplanté son aîné au Danemark qui inquiète les scientifiques. Au niveau épidémiologique, le Danemark et le Royaume-Uni suivent des courbes similaires depuis le début de la vague Omicron. Problème : au Royaume-Uni, depuis le 5 janvier, la courbe des cas s'est infléchie avant de redescendre rapidement, tandis qu'au Danemark, la courbe des contaminations a continué son ascension.

Et si ce différentiel était expliqué par une contagiosité accrue de la souche BA.2 du variant Omicron, majoritaire au Danemark ? C'est la question que se posent les scientifiques. La question se pose également en France. Le pic de la vague Omicron, attendue pour la mi-janvier, tarde à se préciser. Et si ce retard dans le pic était dû, là aussi, au variant BA.2 ?

Interrogé mardi 25 janvier sur France Info, Jean-François Delfraissy a expliqué que les autorités sanitaires observaient attentivement le variant BA.2. "Si ce petit cousin d'Omicron prend le pouvoir, ça veut dire qu'il est plus transmissible, toute la question posée va être sa sévérité". "On le regarde", "quel est son niveau de gravité ? Je ne le sais pas", a-t-il admis.

De son côté, Olivier Véran, le ministre de la Santé, a affirmé sur LCI ce mardi 25 janvier "qu'on pourrait se recontaminer potentiellement au BA.2 même lorsque nous aurions été contaminés au variant Omicron". Cela "pourrait conférer un avantage concurrentiel au BA.2 qui pourrait du coup circuler un peu plus largement", a-t-il ajouté.

Le problème, c'est qu'à l'heure actuelle, les autorités sanitaires françaises sont dans l'incapacité de distinguer BA.1 et BA.2 à partir des tests. Au 25 janvier, une soixantaine de cas ont été repertoriés en France selon Olivier Véran. Un chiffre probablement sous-évalué.

On ne dispose pas non plus des données nécessaire pour affirmer que le variant BA.2 est plus contagieux que la souche BA.1. Une étude danoise affirme cependant que le sous-variant BA.2 ne provoque pas plus d'hospitalisations que son grand frère.

Au niveau des mutations, le variant BA.2 présente quelques mutations au niveau de la protéine Spike qui pourraient altérer l'effet des anticorps, mais là aussi, il est trop tôt pour affirmer avec certitude que les anticorps soient moins efficaces contre BA.2 que contre BA.1.
 

Faut-il s'inquiéter du variant "Deltacron" ? 

Depuis le début du mois de janvier, de nombreux médias internationaux ont relayé une information venue d'un virologue chypriote. Il affirme qu'il existe désormais une nouvelle souche du Covid-19, baptisée "Deltacron." Cette souche combine les caractéristiques des variants Delta et Omicron. 

Cependant, la communauté scientifique s'est rapidement montrée sceptique. Plusieurs chercheurs ont souligné qu'il était impossible de retrouver une lignée unique à la grosse vingtaine d'échantillons supposés de "Deltacron". De ce fait, comme pour le moment il n'y a pas de données prouvant l'existence d'une souche du virus issue d'un tronc commun de mutations successives, il est impossible d'affirmer l'existence d'un variant issu de Delta et d'Omicron. 

"Deltacron vient sûrement d'une contamination lors du séquençage", a avancé sur Twitter la chercheuse Maria Van Kerkhove, qui dirige la lutte contre le Covid à l'OMS.

Variant indien "double mutant" ou Delta

[mise à jour du 19 juin]  Après avoir qualifié la totalité du variant indien B.1.617 comme "préoccupant", l’OMS (Organisation mondiale de la santé) est revenue sur son avis début juin pour ne considérer qu’une seule sous-lignée du variant, le B.1.617.2, comme particulièrement "à risque pour le public".

"Nous continuons d'observer une transmissibilité en nette hausse et un nombre croissant de pays qui signalent des flambées liées à ce variant", note l'OMS, qui juge "prioritaire" de conduire "de nouvelles études" sur son impact.

Plus contagieux, mortels et parce que les vaccins pourraient ne pas offrir de protection contre eux, le B.1.617.2, ainsi que trois autres variants du virus, sont désormais qualifiés de préoccupant.

Détecté seulement entre 2% à 4% en France, le variant delta a cependant provoqué une flambée des cas au Royaume-Uni, représentant jusqu’à 96% des nouvelles contaminations. "Très préoccupé", Boris Johnson a d'ailleurs pris la décision de repousser la date de déconfinement, initialement prévu le 21 juin, au 19 juillet.

À Moscou, le variant serait aussi responsable de près de 90% des nouveaux cas recensés de Covid-19, a annoncé le maire de la capitale russe le 19 juin 2021. Selon les chiffres du gouvernement, 9.120 infections ont été enregistrées dans les dernières 24 heures, un nouveau record pour le deuxième jour consécutif.

(Re)lire : Covid-19 : que sait-on du variant Delta ?

Ce variant, appelé par le nom de sa lignée, B.1.617, a été détecté dans l'ouest de l'Inde en octobre. Il est qualifié de "double mutant" parce qu'il est notamment porteur de deux mutations préoccupantes au niveau de la protéine de pointe ("spike") du virus Sars-CoV-2.

La première, E484Q, est proche de celle déjà observée sur les variants sud-africain et brésilien (E484K), soupçonnée d'entraîner une moindre efficacité de la vaccination et un risque accru de réinfection. La seconde, L452R, est également présente dans un variant repéré en Californie, et pourrait être capable d'entraîner une augmentation de la transmission. C'est la première fois qu'on les repère ensemble sur un variant ayant une diffusion importante.

Ces caractéristiques font craindre qu'il soit plus "résistant" face aux vaccins actuels contre le Covid-19, développés pour reconnaître la protéine spike des souches précédentes du coronavirus. Mais cela n'est pas prouvé pour le moment.

"La mutation 484 peut être en partie responsable d'un échec immunitaire, mais en sachant qu'elle seule n'est pas suffisante. Il faut qu’elle soit éventuellement associée à d'autres mutations que l'on ne voit pas dans ce variant indien", a souligné mercredi le virologue Bruno Lina sur la radio France Inter.

"Je pense que dans une semaine ou deux, nous aurons une estimation plus quantitative de la réaction du (virus) variant au vaccin", a déclaré à l'AFP Rakesh Mishra, du Centre de biologie cellulaire et moléculaire de la ville d'Hyderabad en Inde. 

L'autre inquiétude est qu'il s'agisse d'un variant plus contagieux, qui facilite donc une augmentation du nombre de contaminations, à l'heure où de nombreux pays tentent de juguler une deuxième ou une troisième vague de l'épidémie.

D’après l’OMS le variant Delta est signalé dans 80 pays au total.

  • Propagation du variant Beta dans le monde (source OMS)
 

Variant britannique ou Alpha : 64% plus mortel

Apparu pour la première fois en septembre 2020 au Royaume-Uni, le variant britannique appelé aussi VOC 202012/01 ou B.1.1.7, a été signalé par les autorités du Royaume-Uni le 14 décembre 2020 et a depuis causé une forte hausse des cas sur l’île.

Selon une étude publiée le 10 mars dans la revue médicale BMJ (British Medical Journal), le variant anglais est non seulement plus contagieux mais aussi 64% plus mortel que le coronavirus classique. Pour 1.000 cas détectés, le variant anglais provoque 4,1 morts, contre 2,5 pour le coronavirus classique, concluent les auteurs de ces travaux. "Il y a une haute probabilité que le risque de mortalité soit augmenté par une infection" au variant anglais, écrivent ces chercheurs des universités d'Exeter et de Bristol.

Fin janvier, le NERVTAG, le groupe qui conseille le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, avait indiqué qu'il y avait une "possibilité réaliste" que l'infection par ce variant soit associée à un risque plus élevé de mortalité. Ce groupe estimait que la létalité du variant (risque de décès parmi les personnes infectées) pouvait être 30 à 40% supérieure, en s’appuyant sur plusieurs études.

Ses auteurs se sont basés sur les données de 110.000 personnes testées positives hors hôpital entre octobre et janvier, qu'ils ont suivies durant 28 jours. La moitié avait été infectée par le coronavirus classique, l'autre par le variant anglais (appelé VOC 202012/01 ou B.1.1.7, du nom de sa "lignée", c'est-à-dire sa famille génétique). Les chercheurs ont comparé la mortalité dans l'un et l'autre des deux groupes (141 décès contre 227), en prenant en compte certains facteurs comme l'âge, le sexe ou l'origine ethnique, et ont estimé que le variant anglais était 64% plus mortel.

D'après une étude du 10 janvier, les vaccins Pfizer/BioNTech resteraient efficaces face au variant britannique, tout comme le vaccin Moderna selon le laboratoire lui-même.

Par ailleurs, le variant continue de se propager de manière significative. Le dernier rapport épidémiologique de l’OMS publié le 15 juin atteste que ce dernier a été détecté dans 164 pays au total.

  • Propagation du variant Alpha dans le monde (source OMS)
 

Voir aussi : Covid-19 : le variant britannique, plus contagieux, est aussi plus mortel

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Variant sud-africain ou Beta : 50% plus transmissible

Le 18 décembre 2020, le ministère de la Santé sud-africain annonçait l’apparition d’un variant sur le sol national. Quelques jours après, le nombre de cas augmentait fortement dans tout le pays.

S’il n’est pas plus mortel que le SARS-COV-2, il est 1,5 fois plus contagieux selon des experts sud-africains. Baptisée 501Y.V2, cette mutation "est 50% plus transmissible", mais "rien n'indique que le nouveau variant est plus sévère", a déclaré le Pr Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-africain.

Par ailleurs, plusieurs études convergent pour dire que le variant sud-africain semble réduire l'efficacité des vaccins, notamment à cause de la mutation E484K. Les deux dernières ont été publiées le 17 février dans la revue médicale NEJM et ont été réalisés par des scientifiques de Pfizer/BioNTech et Moderna, les fabricants des deux principaux vaccins.

Elles montrent que la quantité d'anticorps protecteurs produits après l'injection de ces deux vaccins est moins importante quand on est en présence du variant sud-africain (par rapport au variant anglais ou au coronavirus classique). Cela laisse donc supposer que la protection est plus faible. L'équipe du Pr Schwartz, responsable de l'unité Virus et Immunité à l'Institut Pasteur, a réalisé une étude du même type, selon laquelle "il est beaucoup plus difficile de protéger contre le variant sud-africain au cours du temps".

Toutefois, une étude préliminaire réalisée début mars par l'équipe scientifique sud-africaine ayant découvert le variant sud-africain 501Y.V2, tend à montrer que les personnes contaminées par le variant sud-africain du nouveau coronavirus possèdent une meilleure immunité face aux autres mutations du virus.

Le plasma de personnes contaminées par le variant avait "une bonne activité neutralisante" contre les virus "de la première vague" et potentiellement contre d'autres nouveaux variants inquiétants, ont fait savoir les scientifiques sud-africains. "Le 501Y.V2 peut générer un haut niveau d'anticorps capable de le neutraliser", a expliqué le virologue Tulio de Oliveira dans une conférence vidéo, faisant état d'une réponse immunitaire qui dépasse celle d'autres variants.

D’après l’OMS le variant sud-africain (501Y.V2) est signalé dans 115 pays au total.

  • Propagation du variant Beta dans le monde (source OMS)

Voir aussi : Coronavirus : les variants britannique et sud-africain posent des défis risqués

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Deux variants brésiliens originaires d'Amazonie, le P1 alias Gamma classé "préoccupant" par l'OMS

Le premier variant, le B1.1.248, a été détecté début janvier au Japon sur une famille en provenance du Brésil et plus précisément d’Amazonie. Il est devenu rapidement dominant à Manaus, la capitale de l’Etat d’Amazonas : "En décembre, on le trouvait dans 51% des échantillons séquencés provenant de patients du coronavirus, et entre le début et le 13 janvier, c'était 91%", explique Felipe Naveca qui étudie les mutations du virus dans l'Etat septentrional du Brésil et travaille avec le centre de recherches médicales public Fiocruz.

La contagiosité du variant a aussi été rapidement été observée : "Tous les indices indiquent déjà que (ce variant) est plus contagieux, car il présente des mutations qui ont été liées à la plus grande transmission du virus observée dans les variants du Royaume-Uni et d'Afrique du sud", a dit le chercheur.

Fin janvier, un second variant, appelé P.1 a fait son apparition. Il est « l'un des 18 variants du coronavirus qui ont circulé dans l'Etat d'Amazonas depuis le début de la pandémie" il y a 10 mois, explique le chercheur.

Des enquêtes récemment menées par l’OMS, ont cependant montré que le variant P.1 avait « une transmissibilité accrue par rapport aux variants circulant auparavant ». Il serait aussi « 1,1 à 1,8 fois plus susceptible d’entraîner la mort », tout en soulignant qu’il s’agit « de résultats préliminaires et qu’ils ne sont pas généralisables à d’autres contextes ». Depuis le début de l’année, le système sanitaire de la métropole de Manaus de 2,2 millions d'habitants est totalement débordé et une centaine de personnes sont mortes à la mi-janvier par asphyxie, en raison d'une pénurie d'oxygène.

Selon l’OMS, le variant Gamma a été signalé jusqu’alors dans 68 pays.

  • Propagation du variant Gamma dans le monde (source OMS)

Voir aussi : Covid-19 au Brésil : au coeur de la forêt, des malades meurent d'asphyxie à Manaus

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Autres variants en attente ?

Il existe une deuxième catégorie de variants, surveillés par la communauté scientifique internationale à cause de leurs caractéristiques génétiques potentiellement problématiques mais qui ne circulent encore qu'à moindre échelle.

"Les semaines et les mois à venir nous diront s'ils entrent dans la catégorie des variants très inquiétants qui se diffusent très vite, ou s'ils vont rester des variants qui circulent à bas bruit", explique à l'AFP Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité de génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur (Paris).

Tous ces variants sont classés par famille, ou "lignée": selon les mutations qu'ils ont acquises, ils occupent une place précise dans l’arbre généalogique du virus SARS-CoV-2 d’origine. Le variant Eta, détecté dans plusieurs pays comme l'Ecosse, le Nigeria, la France ou l'Australie a été le premier inscrit sur cette liste le 17 mars 2021. Ensuite est venu le Iota, le 24 mars, détecté pour la première fois aux États-Unis en novembre 2020, puis le Kappa début avril, le Lambda en juin et enfin le Mu, inscrit sur la liste le 30 août.

Pour ce dernier variant, détecté pour la première fois en janvier 2021 en Colombie, Santé Publique France recensait 105 contaminations le 25 août 2021 en France, où  il est classé comme étant en cours d'évaluation. Dans son bulletin hebdomadaire publié le 31 août, l'OMS indiquait qu'une étude préliminaire montrait que ce variant aurait la capacité de résister aux vaccins, mais des études supplémentaires doivent être menées afin de mieux comprendre la mutation et sa dangerosité.

Début 2022, de nombreux médias anglo-saxons, mais aussi français se sont inquiétés de l'émergence d'un "variant français",  qui présenterait de nombreuses mutations et serait lié à un grand nombre d'hospitalisations dans le sud du pays. "Il n'y a eu qu'une vingtaine d'échantillons B.1640.2 pour le moment (et) on a isolé les derniers en date le 6 décembre", a remarqué sur Twitter le généticien François Balloux.

Ce variant, identifié comme B.1.640.2, est bien réel et a été repéré par des chercheurs britanniques début décembre. Mais il n'a en réalité été isolé que dans un nombre très limité d'échantillons et il n'y a pas de raison d'établir un rapport avec la situation difficile dans les hôpitaux d'une partie du sud de la France.




Un autre variant, nommé C.12, est surveillé par les scientifiques sud-africains, car il mute beaucoup plus rapidement que les autres variants. Pour le moment, il n'est pas qualifié comme étant digne d'intérêt ou inquiétant car il n'est pas assez fréquent : il a été détecté uniquement en Afrique du Sud, mais aussi à Maurice, en Nouvelle-Zélande, en Chine ou au Royaume-Uni.

Quid de la vaccination ?

"Des variants contre lesquels les vaccins actuels pourraient être moins efficaces (...) vont probablement continuer à émerger", met en garde le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Tout en appelant à vacciner le plus vite possible pour prendre les variants de vitesse, les autorités sanitaires mondiales demandent aux fabricants de travailler à des vaccins de nouvelle génération, adaptés à des variants émergents. 

En outre, l'Union européenne et les Etats-Unis ont annoncé cette semaine la mise en place de programmes destinés à renforcer les opérations de séquençage génétique, indispensables pour suivre la progression des variants et repérer rapidement l'apparition de nouveaux.

En attendant, les scientifiques insistent sur le respect des mesures barrières, aussi cruciales contre les variants que contre le coronavirus classique.

Voir aussi : Covid-19 : le vaccin de Moderna reste efficace contre les variants britannique et sud-africain

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