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Delta, Omicron... : comment naît un variant du Covid-19 ?

Sandile Cele, chercheur au "Africa Health Research Institute" de Durban en Afrique du Sud, travaille sur le variant Omicron du Covid-19. 
Sandile Cele, chercheur au "Africa Health Research Institute" de Durban en Afrique du Sud, travaille sur le variant Omicron du Covid-19. 
© AP Photo/Jérôme Delay

Après Delta, l’arrivée du variant Omicron provoque une vague de contaminations dans plusieurs pays du monde, notamment en Europe. Les gouvernement ont durci les mesures sanitaires et certains pays ont même fermé leurs frontières. Qui sont ces variants du Covid-19 ? Comment naissent-ils ? Que peuvent les vaccins contre ces variants ?

Depuis le début de la pandémie de Covid-19, l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a repertorié des dizaines de variants. Elle a mis en place une base de donnée afin de partager les résultats des recherches de tous les laboratoires qui travaillent sur le séquençage du génome du Sars-Cov2.  C'est cette surveillance constante qui permet justement de les répérer.

(RE)voir : En France une équipe de chercheurs traque les mutations du Covid-19
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Comment nait un variant ?

Comme tous les virus, le Sars-Cov-2, le virus responsable du Covid-19, se reproduit. Les scientifiques disent qu'ils se répliquent. Lors de cette réplication, des erreurs peuvent se produire, une lettre de sa séquence ARN (composée de 30 000 nucléotides, symbolisés par les lettres A, U, G ou C) peut être remplacée par une autre, effacée ou ajoutée. C’est ce qu’on appelle une mutation.
 
Qu'est ce que l'ARN ?
L'Acide Ribonucléique, ou ARN, est une molécule biologique dont la structure moléculaire est très proche de l’ADN. Il est formé d’une seule chaîne hélicoïdale de structure analogue à l’une des 2 chaînes qui constituent l’ADN (acide désoxyribonucléique). Les cellules vivantes utilisent l’ARN comme support intermédiaire des gènes pour synthétiser les protéines dont elles ont besoin. (Voir l'Inserm, l'Institut national de la santé et de la recherche médicale).
Dans la majorité des cas, ces mutations aléatoires n’ont pas d’effet majeur sur le virus. Dans d’autres cas, elles modifient les protéines qui influent sur sa capacité de transmission, sa vitesse de réplication ou encore ses capacités à contourner notre système immunitaire. Dans ces cas précis, le virus devient plus efficace que la version "originale" du Sars-Cov-2 et se répand plus facilement dans la population. Et comme l’explique l’OMS, plus un virus circule dans la population, plus il est susceptible de muter.

Quatre catégories de variants

Chaque mutation est à l’origine d’un variant différent et il existe donc des milliers de variants. Chaque type mutation donne lieu à un nom spécifique et tous les variants sont qualifiés par un nom précis. La communauté scientifique cherche à établir une nomenclature idéale et, entre-temps, plusieurs systèmes de dénominations coexistent.

En mai 2021, pour simplifier leur dénomination et éviter toute stigmatisation en les associant à des zones géographiques, l'OMS a décidé de nommer les variants préoccupants par une lettre de l'alphabet grec. 

Les résultats de ces recherches sont centralisés par l'OMS qui a établi quatre catégories principales pour les classer. 


Les variants préoccupants (Variant of concern) sont :

-    le variant Alpha identifié au Royaume Uni en septembre 2020
-    le variant Béta, identifié en Afrique du sud en mai 2020,
-    le variant Gamma, identifié au Brésil en novembre 2020 
-    et le fameux variant Delta, identifié en Inde en octobre 2020

Ces variants ont la particularité d’augmenter la transmissibilité ou l’évolution de l’épidémiologie de la Covid-19. Ils peuvent augmenter sa virulence ou diminuer l’efficacité des mesures de santé publique et sociales, des outils de diagnostic des vaccins et des traitements disponibles.

Omicron a été classé comme variant préoccupant par le Centre de recherche sur les maladies américain, le CDC,  et dès le 25 novembre par l'OMS.

(RE)lire : Covid-19 : ce que l'on sait et ce que l'on ignore sur le nouveau variant Omicron

Les variants à suivre (VOI ou Variant of interest) :
-    Lambda identifié au Pérou en décembre 2020
-    Mu identifié en Colombie en janvier 2021

Ces variants présentent des modifications génétiques qui affectent – ou pourraient affecter – la transmissibilité du virus, la gravité de la maladie, la capacité d’échapper au diagnostic et qui causent une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19 dans plusieurs pays.

Plus d'infections, plus de mutations

Cela a comme conséquence une prévalence (mesure de l'état de santé d'une population à un instant donné) relative croissante ainsi qu’une augmentation du nombre de cas dans le temps ou d’autres conséquences épidémiologiques qui font craindre un risque. Le taux de mutation du virus est fondamentalement influencé par la prévalence mondiale : un plus grand nombre d’infections signifie donc un plus grand nombre de mutations potentiellement dangereuses soulignait Peter Sands directeur du Fonds mondial de lutte contre le Sida, la tuberculose et le paludisme.

Les variants sous surveillance (VUM, variants under monitoring) sont 14 et ont été répertoriés dans différents pays entre mars 2020 et mai 2021. Kappa, Iota et Eta font partie de ces variants.

(RE)lire : Delta, Lambda, Bêta… la liste des variants du Covid-19 se rallonge

Les variants anciennement suivis sont d’anciens variants préoccupants, reclassés, soit parce qu’ils ne circulent plus à des niveaux susceptibles d’avoir une incidence sur la santé publique mondiale, soit parce qu’ils ne présentent plus de danger. Ils sont 13 pour le moment, dont Epsilon, Zeta et Thêta.

Les vaccins sont-ils efficaces contre les variants ?

Pour l’OMS, les vaccins en cours de mise au point "confèrent au moins une certaine protection contre les nouveaux variants du virus" car ils suscitent une réponse immunitaire de grande ampleur faisant intervenir un ensemble d’anticorps et de cellules. Donc, les mutations du virus ne devraient pas rendre les vaccins complètement inefficaces.

(RE)voir : Covid-19 : l'Europe devra-t-elle se reconfiner ? L'analyse de l'épidémiologiste Catherine Hill
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Pour Peter Sands, directeur du Fonds mondial de lutte contre le Sida, la tuberculeuse et le paludisme, comme pour tous les grands organismes de santé publique, le meilleur moyen d’éviter la propagation du virus est de continuer à appliquer les mesures actuelles visant à réduire la transmission.

 
Pour vaincre ce virus, il faut une riposte globale.
Peter Sands, Directeur Exécutif du Fonds mondial de lutte contre le Sida, la tuberculeuse et le paludisme
Ce banquier britannique qui dirige ce fond international qui chaque année consacre 4 milliards de dollars à la lutte contre les pandémies lançait un cri d'alarme le 15 septembre dernier.

"La vague du variant Delta, même dans les pays présentant des niveaux élevés de couverture vaccinale, nous dit clairement une chose : les vaccins seuls ne vaincront pas le Covid-19. Pour vaincre ce virus, il faut une riposte globale, combinant la vaccination avec des mesures de santé publique continue et le meilleur traitement qu’il nous soit possible de fournir. "

En effet, on a bien vu les effets du variant Delta, et maintenant d’Omicron, dans des pays avec un haut niveau de couverture vaccinale comme Israël ou le Royaume-Uni.

(RE)voir : Royaume-Uni : Omicron fait un premier mort
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Michael Ryan, responsable des opérations d’urgence à l’OMS explique dans un récent entretien à l'Agence France Presse qu’il n'est pas impossible que le monde ait à faire face à de nouveaux variants, plus dangereux et qui, par vagues successives, feront s'effondrer les systèmes de santé. 

Mais l'épidémiologiste irlandais de 56 ans, qui a passé une grande partie de sa vie sur le terrain à lutter contre des épidémies d'Ebola, de choléra ou de la polio est un impérissable optimiste. "Je vois un avenir meilleur" affirme-t-il. Il estime que si "nous nous y mettons sérieusement en termes de mesures sanitaires (et) d'augmentation de la couverture vaccinale", nous pouvons surmonter la phase pandémique. "Je suis rempli d'optimisme pour ce que nous pouvons accomplir collectivement", conclut-il.