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Origine du Covid-19 : "Il faut que l'enquête de l'OMS se porte également sur la possibilité d'un accident de laboratoire"

L'origine du virus Sars-CoV-2 n'a toujours pas été déterminée. La piste d'un accident de laboratoire est désormais retenue aussi bien que celle de la transmission de l'animal à l'homme. L'enquête de Brice Perrier "SARS-CoV-2" dévoile comment les enquêtes scientifiques n'ont pas abouti et repartent de zéro un an et demi après le début de la pandémie.
L'origine du virus Sars-CoV-2 n'a toujours pas été déterminée. La piste d'un accident de laboratoire est désormais retenue aussi bien que celle de la transmission de l'animal à l'homme. L'enquête de Brice Perrier "SARS-CoV-2" dévoile comment les enquêtes scientifiques n'ont pas abouti et repartent de zéro un an et demi après le début de la pandémie.
(iStock /Maksim-Tkachenko)

L'enquête "SARS-CoV-2 : aux origines du mal" de Brice Perrier, remonte l'histoire scientifique de l'épidémie de Covid-19. Cet ouvrage permet d'éclairer les différentes hypothèses sur l'origine du virus, alors que plusieurs groupes de chercheurs demandent que la piste de l'accident de laboratoire puisse être explorée par une enquête de l'OMS. Entretien avec le journaliste scientifique Brice Perrier et le virologue Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS et préfacier de "SARS-CoV-2, aux origines du mal" .

C'est une enquête qui se lit comme un polar scientifique.

Mais "SARS-CoV-2 : aux origines du mal" (Mai 2021, Editions Belin) n'est malheureusement pas une fiction, puisque cet ouvrage décrit dans le détail comment l'épidémie de COVID-19 s'est déclenchée, puis comment les recherches pour connaître l'origine du virus et sa propagation se sont révélées contradictoires et sans issue.

Ce livre — indispensable pour qui veut comprendre le traitement scientifique, politique et médiatique de la plus grande pandémie depuis un siècle —, explore sans tabous tous les scénarios envisagés pour déterminer l'origine du virus SARS-CoV-2 et les hypothèses sur sa très grande capacité de contamination à l'être humain.

Entretien avec Brice Perrier et son préfacier, Etienne Decroly, chercheur  au CNRS au sein du laboratoire Architecture et fonction des macromolécules à Marseille et membre de la société française de virologie.

TV5MONDE : Pourquoi la thèse de la contamination à l'être humain par le pangolin a-t-elle été mondialement relayée et n'est désormais plus la thèse retenue pour expliquer l'origine de la contamination par le Covid-19 ?
 

Brice Perrier est journaliste scientifique indépendant, auteur de "SARS-CoV-2 : aux origines du mal".
Brice Perrier est journaliste scientifique indépendant, auteur de "SARS-CoV-2 : aux origines du mal".

Brice Perrier : La thèse de la contamination de l'être humain par le pangolin a été diffusée via une conférence de presse de l'université de Chine du Sud, le 7 février 2020. Il y a été annoncé que des virus avaient été trouvés chez des pangolins, avec une identité génétique de 99% avec SARS-CoV-2. C'est ce qui était attendu comme chiffre pour un hôte intermédiaire. Ce n'était pas une publication scientifique mais seulement une conférence de presse. Sauf qu'elle a été relayée le jour même par la revue Nature, avec des interviews de Christian Andersen et Edward Holmes — d'éminents scientifiques américains et australiens immunologistes et virologues — qui adhéraient à la thèse et pensaient que cela pouvait être la raison de l'épidémie.

En réalité, ces annonces étaient mensongères, puisque le virus trouvé chez les pangolins — et on ne l'a su que plus tard — n'avaient pas 99% de correspondance d'identité avec le SARS-CoV-2, mais au total, seulement 90%. Cette contamination par un animal sauvage est restée la version officielle un certain temps parce qu'elle était séduisante à mon sens, elle attestait aussi de la capacité de l'être humain à maltraiter la nature et cautionnait les thèses de crise écologique. C'était une bonne histoire en quelque sorte.

Etienne Decroly est un virologue spécialiste du VIH, directeur de recherche au CNRS dans le laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB) de l’Université d’Aix-Marseille

Etienne Decroly : L'effondrement de la thèse d'une contamination par le pangolin est liée à plusieurs arguments. Le premier est lié à la phylogénie — la généalogie moléculaire appliquée aux virus. On regarde les séquences du coronavirus chez le pangolin et on voit qu'une toute petite zone est très intéressante du point de vue fonctionnel, parce qu'elle est très similaire à celle du SARS-CoV-2. C'est la zone qui va permettre au virus d'aller se fixer sur le récepteur ACE2. Par contre dans le restant du génome, le virus chez le pangolin et celui chez l'homme sont assez distants génétiquement.

Donc, quand on a commencé à obtenir l'ensemble des informations et qu'on a effectué les analyses phylogéniques, on s'est tout de suite rendu compte que le virus trouvé chez le pangolin n'était certainement pas le progéniteur ou l'ancêtre proximal du SARS-CoV-2.


 

Le coronavirus RaTG13 de la mine de Yunnan :

Parmi les virus trouvés [dans la région du Yunnan, au sud de la Chine], le cousin le plus proche du SARS-CoV-2, appelé RaTG13, a été collecté dans une mine désaffectée en 2013. Or, en 2012 plusieurs ouvriers y ayant travaillé avaient souffert d’une pneumonie sévère ressemblant au Covid-19, ce qui avait provoqué la mort de trois d’entre eux.  Ce virus a été collecté par l'institut de virologie de Wuhan (WIV) à l'époque.

Ce que l'on attendrait d'un ancêtre proximal c'est une forme de recombinaison entre ce virus là et le RaTG13 — ou d'autres coronavirus très proches —, qui ont été séquencés à partir de la mine de Yunnan.
 

Pour valider la thèse d'une contamination par les pangolins il faudrait que les populations de la ville de Wuhan soient au contact de pangolins. Cet animal n'y a été jamais vu ni vendu.Etienne Decroly, virologue et directeur de recherche au CNRS

Mais pour valider la thèse d'une contamination par les pangolins il faudrait que les populations de la ville de Wuhan soient en contact régulier avec les pangolins. Et un rapport scientifique qui vient d’être publiée indique que parmi l'ensemble des animaux sauvages vendus sur le marché de Wuhan ces dernières années, le pangolin n'y figure pas.

TV5MONDE : Pourquoi l'argument scientifique d'une origine obligatoirement naturelle du SARS-CoV-2 n’est plus valide aujourd'hui ?

Etienne Decroly : Le titre du premier article — publié en février 2020 —, affirmant l'origine naturelle de l'épidémie, "The proximal origin of SARS-CoV-2" est intéressant. Proximal veut dire l'ancêtre qui a donné naissance à l'épidémie, c'est donc le progéniteur. Or, aujourd'hui, la communauté scientifique est absolument d'accord pour dire que ni le RaTG13, ni le virus du pangolin, ni d'autres virus qui ont été échantillonnés ne sont des ancêtres proximaux du virus SARS-CoV-2 à l'origine de l'épidémie. Ce sont des cousins de ce virus mais ce ne sont pas des parents directs de l'épidémie.

Cet article de 2020 explique entre autre que le SARS-CoV-2 ne peut avoir été manipulé génétiquement car il est impossible de reconstruire ou de modifier des virus en laboratoire sans laisser de traces. C'est un argument inexact. Il existe des méthodes de reconstruction de virus qui ne laissent pas de traces de manipulations et ces méthodes sont utilisées par la communauté des corona-virologues pour construire des virus chimériques ou pour introduire des mutations.

Ces sites de coupure à furine dans le virus SARS-CoV-2 sont l'une de ses particularités et ils peuvent aussi bien apparaître naturellement que par une insertion artificielle. Etienne Decroly, virologue et directeur de recherche au CNRS

Un second argument utilisé pour démontrer l’origine naturelle du virus est que si on avait voulu construire un virus de ce type là, on serait parti d'un génome qu'on avait déjà et on en aurait donc fait un qui ressemble au SARS-COV-1. Cet argument est peu convaincant pour deux raisons. On sait que quand on échantillonne des nouveaux virus, il est souvent difficile de récupérer le virus "vivant" pour le cultiver. Donc, ce que l'on peut faire pour parer à cette difficulté — et sans aucune mauvaise intention — c'est qu'on récupère les séquences codant la protéine spike de ces virus et on va les introduire à la place de la protéine spike d’un virus que l'on a été capable de cultiver en laboratoire. Quand on fait ce genre d'expériences il faut un délai important avant de publier les résultats, souvent deux, trois ou quatre ans. On ne peut donc absolument argumenter sur l'absence de publication pour démontrer que ces virus modifiés n'existeraient pas.

Brice Perrier : Il y a des points intéressants à regarder dans les mails qui sont sortis la semaine dernière entre Anthony Fauci (responsable en chef des maladies infectieuses aux États-Unis, ndlr) et Christian Andersen (l'immunologiste qui confirmait la piste du pangolin en février 2020, ndlr). Le 31 janvier 2020, Andersen écrit à Fauci pour lui dire qu'il travaille sur le génome de SARS-CoV-2 et que ce virus ne lui paraît pas être dans les lois de l'évolution et pourrait très bien être issu d'une ingénierie de laboratoire.

Cette adaptation du virus à l'être humain a été repérée assez vite par deux chercheurs mais leurs publications ont été refusées par les grandes revues scientifiques.Brice Perrier, journaliste scientifique et auteur de "SARS-CoV-2 : les origines du mal".

Sauf que 15 jours plus tard, quand il prépublie son article pour la revue Nature, c'est avec une théorie opposée, très proche de celle de la tribune du Lancet qui établit l'origine obligatoirement naturelle du virus et qui affirme aussi que toute théorie autre serait complotiste. La justification de Christian Andersen sur ce revirement — maintenant que les mails ont été dévoilés — est que "c'est parce que la science avait avancé". En 15 jours la science n'avait pas avancé, la seule nouveauté en réalité était la thèse du pangolin qui était communiquée depuis la Chine et simultanément dans la revue Nature.

Quelles sont les caractéristiques particulières du virus SARS-CoV-2, comparées aux autres coronavirus connus et étudiés ?

Etienne Decroly :
Le  virus SARS-CoV-2 a des caractéristiques qui lui sont propres dont l'une des principales est un site de coupure à furine dans la protéine spike. Cette caractéristique est absente chez les autres coronavirus de la famille du SARS.

Protéine spike, site de coupure à furine et ACE2  : une courte explication

Les coronavirus se caractérisent par leur couronne de protéines dites "spike". Ces virus — comme tous les autres — utilisent nos cellules comme hôtes pour se reproduire. Mais pour devenir infectieux, la protéine spike du SARS-CoV-2 doit être "activée" et c'est le rôle d'un type d’enzyme dans notre organisme qui le permet, une protéase dans le cas du SARS-CoV-2 : la furine. Un site de coupure à furine est donc une fonction qui permet de rendre active  la protéine spike en lui permettant de s'attacher à l’un des récepteurs présents à la surface des cellules humaines appelé ACE2.

C'est unique par rapport à tous les autres virus qui lui sont proches. On sait, depuis à peu près une vingtaine d'années que quand ce type de site de coupure à furine apparait dans le génome du coronavirus ou d'autres virus, c'est important pour l'infection de différents types cellulaires. Cela peut être éventuellement un facteur de pathogénicité. Donc, un facteur qui favorise la transmission interhumaine des virus.

Il y a donc deux possibilités. Soit ce virus a été adapté à l'homme en laboratoire avant l'épidémie, soit il circulait avant novembre-décembre 2019 en Chine ou ailleurs et l'on n'a pas vu cette période d'adaptation dans le début de l'épidémie.Etienne Decroly, virologue et directeur de recherche au CNRS

C'est une première caractéristique très importante, mais cela ne veut pas dire que ce virus ait subi une ingénierie au niveau moléculaire. Ce type de manipulation génétique à été toutefois effectuée régulièrement ces 20 dernières années, entre autres dans le but de comprendre les mécanismes de franchissement des barrières d'espèces.

L'autre caractéristique très particulière du SARS-COV-2 apparu en décembre 2019 en Chine, c'est qu'il était adapté — au niveau moléculaire — aux récepteurs ACE2 humains. C'est étonnant, parce que quand un virus franchit la barrière d’espèce, la reconnaissance du récepteur de la nouvelle espèce n’est pas optimale. L’évolution va par conséquent rapidement sélectionner des variants viraux mieux adaptés et ce processus favorisera une transmission interhumaine plus efficace.

Ce processus d'adaptation important n'a pas été observé dans les premiers mois de l'épidémie du SARS-CoV-2 alors que l'on avait observé une adaptation génétique importante dans le cas de l’épidémie de SARS-COV-1 en 2003. Il y a donc deux possibilités. Soit le SARS-CoV-2 ayant émergé était déjà adapté aux récepteurs ACE2 de l'homme en laboratoire au début de l'épidémie — ce qui suggèrerait un accident de laboratoire —, soit le virus circulait avant novembre-décembre 2019 en Chine ou ailleurs dans le monde. Cela signifierait que l'on n'a pas vu la période d'adaptation initiale, car on a manqué le début de l'épidémie.

Brice Perrier : Je veux ajouter que cette adaptation du virus à l'être humain a été repérée assez vite. Un chercheur en Australie, Nicolas Petrovsky a démontré que le SARS-CoV-2 était plus adapté à l'être humain que tous les autres animaux, y compris les animaux intermédiaires supposés tels que le pangolin et la chauve-souris. Aux Etats-Unis, la chercheuse Alina Chan du MIT a aussi établi — toujours avec des vrais données comme Petrosvky — que le virus était adapté à l'être humain. Mais dans les deux cas, les articles de ces chercheurs ont été refusés à l'époque par les grandes revues scientifiques.

TV5MONDE : Pourquoi la piste d'une contamination par les animaux d’élevage à fourrure n’a pas été suivie, que ce soit en Chine ou en Europe ?

Brice Perrier : Le premier variant un peu important du SARS-CoV-2 est apparu dans une zone où il y avait des élevages de visons, en Italie. Puis il y a eu quelque chose de similaire en Espagne. Au Danemark, les scientifiques se sont rendus compte qu'il y avait des processus d'allers-retours dans la contamination entre le vison et l'être humain et c'est pour cela qu'ils les ont tous abattus.

En Chine en 2019, dans la zone d'élevage la plus importante du pays, la production de visons a diminué de moitié.
Brice Perrier, journaliste scientifique et auteur de "SARS-CoV-2 : les origines du mal".

Le journaliste Yan Faure s'est renseigné sur la Chine, qui est le premier pays producteur de visons au monde. Il y avait donc une piste sérieuse au sujet de la contamination par des petits animaux à fourrure qui avait d'ailleurs été évoquée par un virologue allemand, Christian Drosten. Le chien viverrin et le furet, très présents en Chine ont été aussi questionnés, mais cette piste des animaux à fourrure n'a pas été vraiment explorée. Dans le rapport de l'OMS les visons sont évoqués mais sans détails sur le sujet et ils n'ont pas trouvé de coronavirus proche du SARS-CoV-2 sur les visons chinois. De plus, Yann Faure a remarqué un phénomène surprenant en Chine en 2019 : dans la zone d'élevage la plus importante du pays, la production de visons a diminué de moitié cette année-là.

Etienne Decroly : Un point important sur l'origine du virus est la bonne compréhension des premières chaînes de transmission. La difficulté que l'on a avec l'hypothèse du vison en Chine, c'est que l'épicentre du début de l'épidémie est la ville de Wuhan. Ce n'est pas l'endroit où sont concentrés les élevages de visons. Ce qui est avéré aujourd'hui à propos des visons, c'est qu'ils sont d'une part très sujets à cette infection et qu'il peut y avoir d'autre part des allers-retours entre l'être humain et cet animal.

Il faut que l'enquête de l'OMS se porte également sur la possibilité d'un accident de laboratoire en allant voir quelles souches virales sont contenues dans ces laboratoires (…)Etienne Decroly, virologue et directeur de recherche au CNRS

Mais il n'y a pas de démonstration sur le fait que cet animal a été contaminé et a ensuite induit la contamination humaine. Cela reste une question et je m'étonne que cette piste et celle d'autres petits rongeurs n'aient pas été d'avantage explorées par la mission conjointe OMS-Chine. Après un an et demi de circulation du virus très importante dans l'ensemble des populations humaines, il va de toute manière être très difficile — à partir d'échantillons prélevés — de savoir qui est l'œuf et qui est la poule pour la contamination liée à ces animaux. 

TV5MONDE : Au final, peut-on savoir scientifiquement si le virus SARS-CoV-2 a été modifié en laboratoire  ?

Brice Perrier : Il y a une étude qui a débuté pour tenter de déterminer si le virus pourrait être issu d'une manipulation de laboratoire. Cette étude est aussi là pour pallier le manque de données dont parle Etienne Decroly. Cette étude comparative est axée sur deux points. Le premier touche à l'évolution du virus, pour savoir si cela correspond à ce qui a été observé pour le virus MERS-CoV ou le virus SARS-CoV-1, afin de savoir si entre ces cousins, l'évolution finale est similaire ou pas. Le deuxième point est très particulier, puisqu'il touche aux sites furine avec des codons, qui sont assez rares de manière naturelle mais utilisés de manière assez commune en laboratoire pour faire des insertions.

Que sont les codons ?

Le génome d’un coronavirus compte environ 30 000 bases, mais, comme tous les virus à ARN, il est constitué de seulement quatre nucléotides différents : l’adénine, la guanine, la cytosine et l’uracile. On les désigne plus communément par leurs initiales respectives: A, G, C et U. En se groupant par trois, elles forment des codons qui, comme leur nom l’indique, vont coder des acides aminés (un par codon). Une fois assemblés, ces derniers constitueront la séquence d’une protéine.

Extrait de : "SARS-CoV-2 : aux origines du mal"

L'équipe du chercheur en bio-informatique Jacques van Helden veut donc établir un comparatif grâce à une étude statistique très poussée pour savoir jusqu'à quel point cette présence des codons dans le SARS-CoV-2 est étonnante ou non.

Etienne Decroly : Bien sûr, on peut savoir si le SARS-CoV-2 a été modifié en laboratoire. C'est une question d'échantillonnage plus intensif. L’objectif doit être de retrouver l'ancêtre proximal, donc le progéniteur de l'épidémie qui n'a pas été trouvé à ce jour. Il faut donc que le travail rigoureux de séquençage soit fait de façon plus importante, au sein des espèces animales qu'on incrimine éventuellement, mais également dans la population humaine. Il faut que l'enquête de l'OMS se porte également sur la possibilité d'un accident de laboratoire en allant séquencer les souches virales détenues dans ces laboratoires. Il est également nécessaire que l'on puisse consulter les bases de données de l'institut de virologie de Wuhan qui étaient disponibles jusqu'en septembre 2019 et dont l'accès est maintenant restreint.

Tout ce travail doit être fait avec rigueur, parce que c'est seulement comme cela que l'on pourra prémunir éventuellement les futures générations d'autres épidémies, avec des virus qui pourraient suivre des chemins similaires. Les méthodes de la biologie moléculaire vont de plus évoluer dans les années qui viennent et de nouveaux outils d’analyse seront disponibles. Nous aurons donc probablement des réponses à ces questions en utilisant des nouvelles méthodes.