Douze caricatures mortelles
Début février 2006, le journal publie la série de caricatures de Mahomet du journal Jyllands-Posten. 400 000 exemplaires s'écoulent. Quelques mois auparavant, en septembre 2005, le quotidien danois Jyllands-Posten avait publié douze caricatures controversées du prophète Mahomet. L'une d'elles le montrait coiffé d'un turban en forme de bombe à la mèche allumée.
Au nom de la liberté d'expression, la rédaction de Charlie Hebdo, avait décidé, avec France-Soir, et cela malgré les menaces, de publier les dessins-polémiques. L’hebdomadaire fut poursuivi par la Mosquée de Paris, l’Union des organisations islamiques de France (UOIF) et la ligue islamique mondiale.
"Charlie" reçu le soutien de Nicolas Sarkozy, alors ministre de l’Intérieur tandis que Jacques Chirac, président de la République, déclarait : "Tout ce qui peut blesser les convictions d’autrui, en particulier les convictions religieuses, doit être évité. La liberté d’expression doit s’exercer dans un esprit de responsabilité "
Charlie Hebdo fut relaxé.
A Libération, Charb déclare alors : " À Charlie, avant qu'on soit embêtés par les musulmans intégristes, on a eu affaire à l'extrême droite catholique. Ça s'est terminé normalement devant les tribunaux, ils ont perdu et voilà. Ils attaquent pour tester en espérant gagner et que la législation change. Les juifs, on doit constater qu'ils ne nous font pas chier. Dans Charlie, on traite surtout de l'Église catholique parce qu'elle est encore très majoritaire ". De son côté, le journal Le Monde semble abasourdi par toute cette affaire. Il écrit : " Le procès de Charlie Hebdo est celui d’un autre âge, d’un autre temps. Même si les plaignants n’invoquent pas cet argument, il faut avoir en mémoire que ce qui a déclenché la polémique, c’est la représentation du prophète Mahomet, qui, aux yeux de l’islam, est un blasphème. On est donc en présence d’une querelle obscurantiste"
Les menaces, depuis, se multiplient au sein de la rédaction. En guise de soutien, le 15 mars 2006, le ministère de la Culture organise une soirée en l'honneur du dessin de presse. Un hommage est rendu aux dessinateurs de l'hebdo. Parmi eux, Cabu, Wolinski et Charb, tous trois assassinés ce mercredi 7 janvier.