Alors qu'il était sur le point d'organiser un référendum jugé illégal par la Cours suprême, le président du Honduras José Manuel Zelaya est arrêté le 28 juin par les forces militaires et envoyé au Costa Rica. Le gouvernement de transition, mené par Roberto Micheletti, menace de le traduire en justice s'il repose le pied sur le sol hondurien. Des négociations suivent sous l'égide du président costaricain Oscar Arias, prix Nobel de la paix en 1987 pour avoir pacifié l'Amérique centrale après des années de guerre civile. Mais le dialogue reste très difficile entre les deux hommes. Depuis le Nicaragua, Manuela Zelaya appelle à la résistance civile. Au Honduras, ses partisans organisent des manifestations. Mais la situation politique se durcit. Mercredi 12 août, une cinquantaine de personnes pro-Zelaya sont arrêtées. Le 22 septembre, le président déchu revient clandestinement à Tegucigalpa. Il appelle l'armée à "retourner ses fusils contre les ennemis du peuple" tout en se disant prêt au dialogue. Le 29 novembre, Porfirio Lobo, le candidat de l'opposition de droite, remporte la présidentielle. Manuel Zelaya est définitivement écarté du pouvoir.
Une élection présidentielle sur fond de crise politique
Analyses des enjeux politiques
Tentatives de médiation du Costa Rica - juillet 2009
La résistance de Manuel Zelaya
Tentative de dialogue entre Zelaya et Micheletti - octobre 2009